题目：大数据时代下的数据挖掘与知识获取

 

主讲人：黄菁山教授 美国阿拉巴马大学

 

讲座时间：2018年7月13日(周五)下午2:30

 

讲座地点：老校区办公楼第五会议室

 

主办：科研处、国际交流处、数据科学与信息工程学院

 

 

黄菁山教授简介：

 

黄博士是南阿拉巴马大学计算机学院生物医学信息学科研组的终身教授、正教授、博士生 导师；同时，黄博士还是福州大学特聘的闽江学者讲座教授（2018 年至 2021 年）。黄教授 于 2007 年在南卡罗莱纳大学取得计算机专业博士学位；2007 至 2009 年分别在南卡罗莱纳 医科大学（生物统计、生物信息及流行病学系，科研专家）和本尼迪克大学（数学与计算 机科学系，终身轨助理教授）任职；2009 年起在南阿拉巴马大学任职，其中：2009 年至 2015 年任终身轨助理教授、2015 年获终身教授、2017 年破格晋升正教授。

黄教授的科研方向是数据科学及计算生命科学，具体包括：数据语义及生物医学本体、计 算基因组学及计算转录组学、生物信息学及计算生物学、人工智能及大数据。他的科研成果概述如下：

 1. 领导多项由美国联邦机构资助立项的科研项目，包括国立卫生研究院 NIH、国家科学基 金会 NSF 及能源部 DOE。

 2. 作为项目总负责人领导 OmniSearch 科研团队，把语义及生物本体技术创新性地应用在 微小 RNA 研究领域，以探求微小 RNA 在人类癌症发病机制中的重要调控作用。 OmniSearch 团队为微小 RNA 的癌症研究（包括基础与临床科研）引入了语义标注、语 义整合、语义查询等高端先进的科研理念。目前，OmniSearch 软件已在全美五十多家 生物和临床实验室广泛应用（包括哈佛大学、密执根大学、宾州大学、加州洛杉矶大学、 加州圣地亚哥大学、圣路易斯华盛顿大学、麻省大学、梅奥诊所、波士顿布莱根妇女医 院、德州大学 MD 安德森癌症中心、德州大学休斯顿医学中心等著名高校和临床机构）。

 3. 在构建非编码 RNA 生物本体方面做出重大贡献，领导开发了 NCRO 本体和 OMIT 本体。 前者是涵盖非编码 RNA 整个领域的框架性本体（即：为将来别的科研组开发的所有非 编码 RNA 领域内的应用本体提供根本性的框架结构）；后者则是微小 RNA 领域内的第 一个也是目前唯一的一个应用本体。

4. 创办两个交叉学科研究组（South Biomedical Informatics, SBI 以及 Data, Semantics, and Mining, DSM），在南阿拉巴马大学从无到有地建立起生物医学信息学和生物医学本 体科研方向，并带领科研组与美国该领域内的多家著名科研机构建立长期、高产和稳定 的合作关系，例如：

· 生物本体领域的两大权威组织：Open Biological and Biomedical Ontologies (OBO) Foundry 和 National Center for Biomedical Ontology (NCBO) BioPortal

 · 基因本体科研组（美国乃至世界上最为成功的生物本体科研组）

· 蛋白质本体科研组（蛋白质科研领域内最为权威的生物本体科研组）

· 基因序列本体科研组（基因序列科研领域内最为权威的生物本体科研组） · 俄勒冈大学 · 犹他大学医学院

· 圣路易斯华盛顿大学医学院

· 密执根大学医学院

 · 梅奥诊所。

5. 开发三个自动匹配本体的软件：Puzzle、Compatibility Vector System (CVS) 及 Similar Ontology Concept ClustERing (SOCCER)——其中 SOCCER 是世界上首个基于 本体结构机器学习的先进软件，在实际应用中有着优异的表现（包括灵敏度和特异度等 指标）。

6. 参与了大量的科研服务工作，包括：（1）美国自然科学基金会项目评审专家、（2）期刊 编委会及评审委员会成员、（3）国际会议指导委员会成员、（4）国际会议及论坛大会主 席、（5）书籍编委会及指导委员会成员、（6）期刊及书籍特约编辑，以及（7）大量顶 级国际会议程序委员会成员，等等。